GENESIS Users’ Group研究会

GENESIS Users’ Groupでは定期的に研究会を開催します。今後、産業界などでGENESISを幅広く活用頂くために、GENESISの最新機能や利用方法のチュートリアルなどを提供する場として、研究会活動を推進していく予定です。
次回第10回研究会の開催概要は次のとおりです。

第10回研究会では、2022年11月に実施した第4回研究会の続編として、分子動力学(MD)ソフトウェア「GENESIS」を用いたQM/MM法の応用・展開についてご紹介します。 QM/MM法は、興味ある領域を量子化学(QM)計算で扱い、周囲の環境を古典分子力場(MM)で扱うハイブリッド法です。 化学反応や分子分光の計算が可能となるため、酵素反応を代表とした生体分子系にも広く応用されています。
本講演では、GENESISを用いたQM/MM法の使い方および生体分子系への応用事例を紹介します。 また、最先端研究として、QM/MM法を創薬研究に用いられる自由エネルギー摂動法(FEP法)に展開したQM/MM-FEP法の開発について紹介します。 QM/MM-FEPは、FEP法で導入した各中間状態においてタンパク質とリガンド(薬剤)の相互作用をQMで扱い、より高精度な結合親和性の予測を実現します。
創薬研究に携わる方にとって、GENESISの優れた機能を知る絶好の機会となりますので、ぜひご参加をご検討ください。

会議名 GENESIS Users’ Group第10回研究会
日時 2024年5月27日(月)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
テーマ・内容 「GENESISによるQM/MM法に基づくMD計算の紹介とQM/MM-FEPへの展開」
・QM/MMの使用法および応用事例の紹介
・QM/MMに基づくFEP法の開発と応用
・質疑応答/ディスカッション
発表者 八木 清(理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室)
アシスタント 尾嶋 拓(兵庫県立大学大学院理学研究科 情報理学研究室)
参加資格 GENESIS Users’ Group の会員であること
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 株式会社JSOL
備考 「質疑応答/ディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。

※研究会の申込みにはGENESIS Users’ Groupへの入会が必須となります。

GENESIS Users’ Groupへの入会方法については、こちらのページをご確認下さい。

企業に所属する個人会員または法人会員は、年会費が有料となります。詳しくはこちらをご確認下さい。

2024年5月22日(水)締切

申込みは締め切りました

※株式会社理研数理は参加者の申込受付業務等の運営を株式会社JSOL(共催)に委託しています。

2023年度

会議名 GENESIS Users’ Group第9回研究会
日時 2024年2月20日(火)15:00~17:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
テーマ・内容 <第一部:講演>
・GENESISの公開チュートリアルに基づいた基本的な解析ツールの使い方
・質疑応答
<第二部:ユーザー事例>
・創薬研究におけるGENESISの活用〜技術指導と富岳産業利用を通して〜
・質疑応答
発表者 李 秀栄(医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター)
山口 貴也(旭化成ファーマ株式会社 医薬研究センター 先端創薬研究部)
参加資格 GENESIS Users' Group の会員であること
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 株式会社JSOL
備考 「質疑応答」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。



会議名 GENESIS Users’ Group第8回研究会
日時 2023年11月30日(木)第一部(講演)13:00~14:15、第二部(ハンズオン)14:25~16:30
会場 国立研究開発法人理化学研究所 神戸キャンパス
融合連携イノベーション推進棟(IIB) 8階講堂C801 および オンライン(Zoom)
※ただし、共催・後援の諸団体の会員様または紹介者は、現地参加のみとなります。
テーマ・内容 <第一部:講演>
・GENESIS Users' Groupの紹介
・理研数理の取組紹介
・AWSにおけるGENESISのPocの結果
・AWSのHPCへの取り組みと創薬分野での活用について
<第二部:ハンズオンセミナー、質疑応答>
・AWSを用いたGENESISのハンズオン
・質疑応答
発表者 杉田 有治(理化学研究所 計算科学研究センター)
松崎 健一(株式会社理研数理)
鄭 誠虎(熊本大学)
佐々木 啓(アマゾンウェブサービスジャパン合同会社)
小林 千草(理化学研究所 計算科学研究センター)
参加資格 GENESIS Users' Group の会員であること
※ただし、共催・後援の諸団体の会員様または紹介者は特別招待とさせていただきます。
費用 GENESIS Users' Group の会員:無料
共催・後援の諸団体の会員様または紹介者:講演は無料、ハンズオンは1人当たり3万円
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
株式会社JSOL
兵庫県マテリアルズ・インフォマティクス研究会
アマゾンウェブサービスジャパン合同会社
後援 公益財団法人計算科学振興財団
兵庫県立大学産学連携・研究推進機構
公益財団法人ひょうご科学技術協会
備考 「質疑応答」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。



会議名 GENESIS Users’ Group第7回研究会
日時 2023年8月23日(水)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 株式会社JSOL
参加資格 GENESIS Users’ Groupの会員であること
発表者 尾嶋 拓(兵庫県立大学大学院理学研究科 情報理学研究室)
信夫 愛(大阪大学 ヒューマン・メタバース疾患研究拠点)
李 秀栄(医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター インシリコデザインプロジェクト)
テーマ 「GENESISにおけるFEP法(応用編)」
・Relative/Absolute 結合自由エネルギー計算の概要と技術要素
・FEP計算の具体例とデモンストレーション
・ディスカッション
備考 「ディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。



会議名 GENESIS Users’ Group第6回研究会
日時 2023年5月16日(火)15:00~17:00
開催形式 オンサイト開催
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
株式会社JSOL
参加資格 GENESIS Users’ Groupの会員であること
発表者 杉田 有治(理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム)
Wonpil Im(Lehigh University, Department of Biological Sciences)
李 秀栄(医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター)
茶木 健太(JSOL エンジニアリング事業本部)
テーマ ・生体分子モデリングの概要(発表者:杉田 有治)
・CHARMM-GUIとMolcube(発表者:Wonpil Im)
・CHARMM-GUI/GENESISのデモ(発表者:李 秀栄)
・J-OCTAのGENESISモデラのご紹介(発表者:茶木 健太)
・今後のUsers’ Group活動に関するディスカッション
備考 「今後のUsers’ Group活動に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。

2022年度

会議名 GENESIS Users’ Group第5回研究会
日時 2023年2月22日(水)第一部13:00~15:00、第二部15:00~16:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 尾嶋 拓(理化学研究所 生命機能科学研究センター)
松原 大貴(理化学研究所 生命機能科学研究センター)
信夫 愛(大阪大学 ヒューマン・メタバース疾患研究拠点)
李 秀栄(医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター)
テーマ <第一部:研究会>
・自由エネルギー摂動法(Free Energy Perturbation – FEP法)の基礎
・GENESISにおけるFEP法のデモンストレーション
・GENESISにおけるFEP法に関するディスカッション

<第二部:スーパーコンピュータ「富岳」オンライン見学会>
・「富岳」の概要説明(35分程)
・「富岳」見学・質疑応答(25分程)
※参加者人数が15人未満の場合は、開催中止とさせていただきますのでご了承ください。
備考 「GENESISにおけるFEP法に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。



会議名 GENESIS Users’ Group第4回研究会
日時 2022年11月17日(木)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 八木 清(理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室 専任研究員)
伊東 真吾(理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室 特別研究員)
テーマ ・GENESISにおけるQM/MM法の紹介(発表者:八木 清)
・GENESISにおけるQM/MM法のデモンストレーション(発表者:伊東 真吾)
・GENESISにおけるQM/MM法に関するディスカッション
備考 「GENESISにおけるQM/MM法に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。



会議名 GENESIS Users’ Group第3回研究会
日時 2022年8月23日(火)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 杉田 有治(理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム チームリーダー)
Jaewoon Jung(理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム 研究員)
小林 千草(理化学研究所 計算科学研究センター 運用技術部門 ソフトウェア開発技術ユニット 技師)
言語 日本語、英語
テーマ ・GENESIS Ver. 2.0の紹介(発表者:杉田 有治) ※日本語
・GENESISを使った高速化手法(MD)、GPUの利用(発表者:Jaewoon Jung) ※英語
・GENESIS Ver. 2.0を使ったデモンストレーション(発表者:小林 千草) ※日本語
・質疑応答 ※日本語
備考 特になし。



会議名 GENESIS Users’ Group第2回研究会
日時 2022年6月2日(木)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 李 秀栄
医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター
インシリコデザインプロジェクト サブプロジェクトリーダー
テーマ ・自由エネルギー評価とレプリカ交換法(gREST)について(方法論)
・スパイクタンパク質(コロナウイルス)の事例(応用例)
・「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッション
備考 「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッションでは、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を受け付けます。ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。

2021年度

会議名 GENESIS Users’ Group第1回研究会
日時 2022年2月22日(火)13:00~16:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
テーマ ・GENESIS Users’ Groupの紹介
・理研数理の窓口機能の案内
・GENESISの機能概要と最新版の紹介
・ハンズオンセミナー
※J-OCTAとの連携も紹介予定
備考 研究会参加に際しては、下記の事前準備をお願いします。

あらかじめいくつかのフリーソフトウェアとファイルをダウンロード、インストールして頂きます。
研究会当日までに以下の対応をお願いします。

①ダウンロード・インストールいただくソフトウェア
下記のソフトウェアを研究会までにダウンロード・インストールして下さい。
詳細手順については事務局から別途送付いたしますメールをご確認ください。

a)VMD(Version1.9.3)
分子の描画、入力ファイルの編集に利用するソフトウェアです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
既にインストール済みであれば対応は不要です。

※ダウンロードに際してアカウントの登録が必要となります。
ご所属の組織内で問題ないかご確認の上、ダウンロードしてください
なお、インストールされていなくても、当日のハンズオンは進めていただけます。
(シミュレーションモデルの作成、モデルの可視化・表示についてはスキップ頂くことになります)

b)MS-MPI(Version10.1.2)
GENESISのspdyn(実行モジュール)を実行する際に必要なMPIです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=100593
既にインストール済みであれば手順の実施は不要です。

②PCに格納いただくファイル
開催1週間前を目安に事務局からファイルを送付しますので、当日使用されるPCに格納してください。 

c)GENESISの実行ファイル群
ハンズオンセミナーで用いるspdyn, crd_convert, rmsd_analysisのWindows版バイナリをご提供します。

d)ハンズオンセミナーの入出力ファイル
当日の時間が限られているため、あらかじめ計算済みのファイルをご提供します。

e)力場ファイル(toppar_c36_jul18.tgz)
CHARMMの力場パラメータが記載されたファイルをご提供します。

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