GENESIS Users’ Group研究会
次回研究会の案内
GENESIS Users’ Groupでは定期的に研究会を開催します。今後、産業界などでGENESISを幅広く活用頂くために、GENESISの最新機能や利用方法のチュートリアルなどを提供する場として、研究会活動を推進していく予定です。
次回第8回研究会の開催概要は次のとおりです。
第8回研究会では、分子動力学（MD）ソフトウェア「GENESIS」のAWS（※）上での活用についてご紹介します。現在、「富岳」のソフトウェアやアプリケーションの成果を商業クラウド上で企業等が開発や実運用の目的で直接利用できるような環境を整えることを目指し、理化学研究所、アマゾンウェブサービスジャパン合同会社、および理研数理が協働で、「富岳」の機能がクラウド上に仮想的に再現されるソフトウェア環境の構築に向けた研究協力を実施中です。その第一弾として、本年11月を目途に、AWS上で「GENESIS」の商用利用サービスの提供が開始される予定です。今回、その開始に合わせて、AWS上での「GENESIS」の活用方法や、AWS上でのPoC（Proof of Concept）結果、等をご紹介します。最新情報をご紹介する機会となりますので、是非ご参加ください。
また、第二部としてAWSを用いたハンズオンセミナーを開催します。ハンズオンセミナーではAWSを用いることで、「富岳」と同等以上の速度や、短時間での複雑な計算の実現をご体感いただけます。
※「AWS」とは、Amazon Web Services（アマゾン ウェブ サービス）の略称、アマゾンウェブサービスジャパン合同会社により提供されるクラウドコンピューティングサービスを指します。
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第8回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2023年11月30日（木）第一部（講演） 13:00～14:15、第二部（ハンズオン）14:25～16:30 |
| 会場 | 国立研究開発法人理化学研究所 神戸キャンパス
融合連携イノベーション推進棟(IIB) 8階講堂C801 および オンライン(Zoom) ※ただし、共催・後援の諸団体の会員様または紹介者は、現地参加のみとなります。 |
| テーマ・内容 | ＜第一部：講演＞
・GENESIS Users' Groupの紹介 ・理研数理の取組紹介 ・AWSにおけるGENESISのPocの結果 ・AWSのHPCへの取り組みと創薬分野での活用について ＜第二部：ハンズオンセミナー、質疑応答＞ ・AWSを用いたGENESISのハンズオン ・質疑応答 |
| 発表者 | 杉田 有治（理化学研究所 計算科学研究センター）
松崎 健一（株式会社理研数理） 鄭 誠虎（熊本大学） 佐々木 啓（アマゾンウェブサービスジャパン合同会社） 小林 千草（理化学研究所 計算科学研究センター） |
| 参加資格 | GENESIS Users' Group の会員であること
※ただし、共催・後援の諸団体の会員様または紹介者は特別招待とさせていただきます。 |
| 費用 | GENESIS Users' Group の会員：無料
共催・後援の諸団体の会員様または紹介者：講演は無料、ハンズオンは1人当たり3万円 |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
株式会社JSOL 兵庫県マテリアルズ・インフォマティクス研究会 アマゾンウェブサービスジャパン合同会社 |
| 後援 | 公益財団法人計算科学振興財団
兵庫県立大学産学連携・研究推進機構 公益財団法人ひょうご科学技術協会 |
| 備考 | 「質疑応答」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。 |
研究会参加申込み
GENESIS Users’ Groupへの入会方法については、こちらのページをご確認下さい。
企業に所属する個人会員または法人会員は、年会費が有料となります。詳しくはこちらをご確認下さい。
2023年11月16日（木）締切
※株式会社理研数理は参加者の申込受付業務等の運営を株式会社JSOL（共催）に委託しています。
過去の研究会
2023年度
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第７回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2023年8月23日（水）13:00～15:00 |
| 開催形式 | オンライン開催（Zoom開催） |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 株式会社JSOL |
| 参加資格 | GENESIS Users’ Groupの会員であること |
| 発表者 | 尾嶋 拓（兵庫県立大学大学院理学研究科 情報理学研究室） 信夫 愛（大阪大学 ヒューマン・メタバース疾患研究拠点） 李 秀栄（医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター インシリコデザインプロジェクト） |
| テーマ | 「GENESISにおけるFEP法（応用編）」 ・Relative/Absolute 結合自由エネルギー計算の概要と技術要素 ・FEP計算の具体例とデモンストレーション ・ディスカッション |
| 備考 | 「ディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。 |
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第6回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2023年5月16日（火）15:00～17:00 |
| 開催形式 | オンサイト開催 |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 株式会社JSOL |
| 参加資格 | GENESIS Users’ Groupの会員であること |
| 発表者 | 杉田 有治（理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム）
Wonpil Im（Lehigh University, Department of Biological Sciences） 李 秀栄（医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター） 茶木 健太（JSOL エンジニアリング事業本部） |
| テーマ | ・生体分子モデリングの概要（発表者：杉田 有治） ・CHARMM-GUIとMolcube（発表者：Wonpil Im） ・CHARMM-GUI/GENESISのデモ（発表者：李 秀栄） ・J-OCTAのGENESISモデラのご紹介（発表者：茶木 健太） ・今後のUsers’ Group活動に関するディスカッション |
| 備考 | 「今後のUsers’ Group活動に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。 |
2022年度
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第５回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2023年2月22日（水）第一部13:00～15:00、第二部15:00～16:00 |
| 開催形式 | オンライン開催（Zoom開催） |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム 株式会社JSOL |
| 費用 | 無料（事前登録制） |
| 発表者 | 尾嶋 拓（理化学研究所 生命機能科学研究センター）
松原 大貴（理化学研究所 生命機能科学研究センター） 信夫 愛（大阪大学 ヒューマン・メタバース疾患研究拠点） 李 秀栄（医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター） |
| テーマ | ＜第一部：研究会＞
・自由エネルギー摂動法（Free Energy Perturbation – FEP法）の基礎 ・GENESISにおけるFEP法のデモンストレーション ・GENESISにおけるFEP法に関するディスカッション ＜第二部：スーパーコンピュータ「富岳」オンライン見学会＞ ・「富岳」の概要説明（35分程） ・「富岳」見学・質疑応答（25分程） ※参加者人数が15人未満の場合は、開催中止とさせていただきますのでご了承ください。 |
| 備考 | 「GENESISにおけるFEP法に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。 |
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第４回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2022年11月17日（木）13:00～15:00 |
| 開催形式 | オンライン開催（Zoom開催） |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム 株式会社JSOL |
| 費用 | 無料（事前登録制） |
| 発表者 | 八木 清（理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室 専任研究員）
伊東 真吾（理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室 特別研究員） |
| テーマ | ・GENESISにおけるQM/MM法の紹介（発表者：八木 清）
・GENESISにおけるQM/MM法のデモンストレーション（発表者：伊東 真吾） ・GENESISにおけるQM/MM法に関するディスカッション |
| 備考 | 「GENESISにおけるQM/MM法に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。 |
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第３回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2022年8月23日（火）13:00～15:00 |
| 開催形式 | オンライン開催（Zoom開催） |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム 株式会社JSOL |
| 費用 | 無料（事前登録制） |
| 発表者 | 杉田 有治（理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム チームリーダー）
Jaewoon Jung（理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム 研究員） 小林 千草（理化学研究所 計算科学研究センター 運用技術部門 ソフトウェア開発技術ユニット 技師） |
| 言語 | 日本語、英語 |
| テーマ | ・GENESIS Ver. 2.0の紹介（発表者：杉田 有治） ※日本語
・GENESISを使った高速化手法（MD）、GPUの利用（発表者：Jaewoon Jung） ※英語 ・GENESIS Ver. 2.0を使ったデモンストレーション（発表者：小林 千草） ※日本語 ・質疑応答 ※日本語 |
| 備考 | 特になし。 |
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第２回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2022年6月2日（木）13:00～15:00 |
| 開催形式 | オンライン開催（Zoom開催） |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム 株式会社JSOL |
| 費用 | 無料（事前登録制） |
| 発表者 | 李 秀栄 医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター インシリコデザインプロジェクト サブプロジェクトリーダー |
| テーマ | ・自由エネルギー評価とレプリカ交換法（gREST）について（方法論） ・スパイクタンパク質（コロナウイルス）の事例（応用例） ・「レプリカ交換法（gREST）」に関するディスカッション |
| 備考 | 「レプリカ交換法（gREST）」に関するディスカッションでは、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を受け付けます。ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。 |
2021年度
| 会議名 | GENESIS Users’ Group第１回研究会 |
|---|---|
| 日時 | 2022年2月22日（火）13:00～16:00 |
| 開催形式 | オンライン開催（Zoom開催） |
| 主催 | GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理） |
| 共催 | 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター 一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム 株式会社JSOL |
| 費用 | 無料（事前登録制） |
| テーマ | ・GENESIS Users’ Groupの紹介 ・理研数理の窓口機能の案内 ・GENESISの機能概要と最新版の紹介 ・ハンズオンセミナー ※J-OCTAとの連携も紹介予定 |
| 備考 | 研究会参加に際しては、下記の事前準備をお願いします。
あらかじめいくつかのフリーソフトウェアとファイルをダウンロード、インストールして頂きます。 ①ダウンロード・インストールいただくソフトウェア a)VMD(Version1.9.3) ※ダウンロードに際してアカウントの登録が必要となります。 b)MS-MPI(Version10.1.2) ②PCに格納いただくファイル c)GENESISの実行ファイル群 d)ハンズオンセミナーの入出力ファイル e)力場ファイル(toppar_c36_jul18.tgz) |