GENESIS Users’ Group研究会

GENESIS Users’ Groupでは定期的に研究会を開催します。今後、産業界などでGENESISを幅広く活用頂くために、GENESISの最新機能や利用方法のチュートリアルなどを提供する場として、研究会活動を推進していく予定です。
なお、次回第3回研究会の開催概要は次のとおりです。

第3回研究会では、2022年夏にリリースが予定されている分子動力学(MD)ソフトウェア「GENESIS」Ver. 2.0の紹介とデモンストレーションおよびGENESISの高速化手法について、理化学研究所の杉田先生(GENESIS Users’ Group会長)、小林先生、Jung先生にそれぞれ講演いただきます。GENESISの最新情報を知る絶好の機会となりますので、ぜひご参加をご検討ください。

<GENESIS Ver. 2.0の特徴>
・QM/MM (Quantum Mechanics/Molecular Mechanics) 法、全原子MD、粗視化MDが利用可能
・多くの機能を実装
・スーパーコンピュータ「富岳」での最適化
・GENESIS Ver. 1.X系よりも高速(時間刻み⊿tの拡大)
・フリーソフトウェア(LGPLv3)として配布
・GENESIS Ver. 2.0用の新しいチュートリアルがオンラインで利用可能

会議名 GENESIS Users’ Group第3回研究会
日時 2022年8月23日(火)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 杉田 有治(理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム チームリーダー)
Jaewoon Jung(理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム 研究員)
小林 千草(理化学研究所 計算科学研究センター 運用技術部門 ソフトウェア開発技術ユニット 技師)
言語 日本語、英語
テーマ ・GENESIS Ver. 2.0の紹介(発表者:杉田 有治) ※日本語
・GENESISを使った高速化手法(MD)、GPUの利用(発表者:Jaewoon Jung) ※英語
・GENESIS Ver. 2.0を使ったデモンストレーション(発表者:小林 千草) ※日本語
・質疑応答 ※日本語
備考 特になし。

※研究会の申込みにはGENESIS Users’ Groupへの入会が必須となります。

GENESIS Users’ Groupへの入会方法については、こちらのページをご確認下さい。

2022年8月19日(金)締切

申込みは締め切りました

※株式会社理研数理は参加者の申込受付業務等の運営を株式会社JSOL(共催)に委託しています。

2022年度

会議名 GENESIS Users’ Group第2回研究会
日時 2022年6月2日(木)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 李 秀栄
医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター
インシリコデザインプロジェクト サブプロジェクトリーダー
テーマ ・自由エネルギー評価とレプリカ交換法(gREST)について(方法論)
・スパイクタンパク質(コロナウイルス)の事例(応用例)
・「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッション
備考 「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッションでは、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を受け付けます。ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。

2021年度

会議名 GENESIS Users’ Group第1回研究会
日時 2022年2月22日(火)13:00~16:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
テーマ ・GENESIS Users’ Groupの紹介
・理研数理の窓口機能の案内
・GENESISの機能概要と最新版の紹介
・ハンズオンセミナー
※J-OCTAとの連携も紹介予定
備考 研究会参加に際しては、下記の事前準備をお願いします。

あらかじめいくつかのフリーソフトウェアとファイルをダウンロード、インストールして頂きます。
研究会当日までに以下の対応をお願いします。

①ダウンロード・インストールいただくソフトウェア
下記のソフトウェアを研究会までにダウンロード・インストールして下さい。
詳細手順については事務局から別途送付いたしますメールをご確認ください。

a)VMD(Version1.9.3)
分子の描画、入力ファイルの編集に利用するソフトウェアです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
既にインストール済みであれば対応は不要です。

※ダウンロードに際してアカウントの登録が必要となります。
ご所属の組織内で問題ないかご確認の上、ダウンロードしてください
なお、インストールされていなくても、当日のハンズオンは進めていただけます。
(シミュレーションモデルの作成、モデルの可視化・表示についてはスキップ頂くことになります)

b)MS-MPI(Version10.1.2)
GENESISのspdyn(実行モジュール)を実行する際に必要なMPIです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=100593
既にインストール済みであれば手順の実施は不要です。

②PCに格納いただくファイル
開催1週間前を目安に事務局からファイルを送付しますので、当日使用されるPCに格納してください。 

c)GENESISの実行ファイル群
ハンズオンセミナーで用いるspdyn, crd_convert, rmsd_analysisのWindows版バイナリをご提供します。

d)ハンズオンセミナーの入出力ファイル
当日の時間が限られているため、あらかじめ計算済みのファイルをご提供します。

e)力場ファイル(toppar_c36_jul18.tgz)
CHARMMの力場パラメータが記載されたファイルをご提供します。

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