GENESIS Users’ Group研究会

GENESIS Users’ Groupでは定期的に研究会を開催します。今後、産業界などでGENESISを幅広く活用頂くために、GENESISの最新機能や利用方法のチュートリアルなどを提供する場として、研究会活動を推進していく予定です。
次回第5回研究会の開催概要は次のとおりです。

第5回研究会では、分子動力学(MD)ソフトウェア「GENESIS」を用いた自由エネルギー摂動法(Free Energy Perturbation – FEP法)(※)の基礎を、開発者である理化学研究所の講師の方々にデモンストレーションも交えてご紹介いただきます。FEP法は、創薬研究においてタンパク質とリガンド(薬剤)の結合状態を調べるための重要な計算法です。また、創薬に限らず、材料設計においても分子間の親和性や溶解性などを評価する際にも活用できる計算法です。創薬研究や材料研究に携わる方にとって、GENESISの優れた機能を知る絶好の機会となりますので、ぜひご参加をご検討ください。
また、今回は第二部として、スーパーコンピュータ「富岳」のオンライン見学会も開催予定です。「富岳」が設置されている場所から理研スタッフによるライブ中継となりますので、こちらのご参加もご検討ください。

<自由エネルギー摂動法(Free Energy Perturbation – FEP法)>
MDシミュレーションを用いた自由エネルギー摂動法(Free Energy Perturbation – FEP法)は、タンパク質―リガンド、タンパク質―タンパク質の会合に伴う自由エネルギー変化(絶対自由エネルギー変化と相対自由エネルギー変化)を予測する最も一般的な手法です。FEP法では、状態間の自由エネルギー変化を多くの中間状態を導入して評価するため計算コストが高くなります。GENESISでは、スーパーコンピュータのような超並列計算機を有効に活用した効率的なFEP法が実装されています。様々な拡張アンサンブル法と組み合わせ、タンパク質―リガンド結合に限らず、タンパク質の会合やリガンドの膜透過に伴う自由エネルギー変化を高精度・高効率に予測する手法が開発されています。

会議名 GENESIS Users’ Group第5回研究会
日時 2023年2月22日(水)第一部13:00~15:00、第二部15:00~16:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 尾嶋 拓(理化学研究所 生命機能科学研究センター)
松原 大貴(理化学研究所 生命機能科学研究センター)
信夫 愛(理化学研究所 生命機能科学研究センター)
李 秀栄(医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター)
テーマ <第一部:研究会>
・自由エネルギー摂動法(Free Energy Perturbation – FEP法)の基礎
・GENESISにおけるFEP法のデモンストレーション
・GENESISにおけるFEP法に関するディスカッション

<第二部:スーパーコンピュータ「富岳」オンライン見学会>
・「富岳」の概要説明(35分程)
・「富岳」見学・質疑応答(25分程)
※参加者人数が15人未満の場合は、開催中止とさせていただきますのでご了承ください。
備考 「GENESISにおけるFEP法に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。

※研究会の申込みにはGENESIS Users’ Groupへの入会が必須となります。

GENESIS Users’ Groupへの入会方法については、こちらのページをご確認下さい。

2023年2月20日(月)締切

申込はこちら
委託先の株式会社JSOLサイトの申込ページへジャンプします。

※株式会社理研数理は参加者の申込受付業務等の運営を株式会社JSOL(共催)に委託しています。

2022年度

会議名 GENESIS Users’ Group第4回研究会
日時 2022年11月17日(木)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 八木 清(理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室 専任研究員)
伊東 真吾(理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室 特別研究員)
テーマ ・GENESISにおけるQM/MM法の紹介(発表者:八木 清)
・GENESISにおけるQM/MM法のデモンストレーション(発表者:伊東 真吾)
・GENESISにおけるQM/MM法に関するディスカッション
備考 「GENESISにおけるQM/MM法に関するディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。



会議名 GENESIS Users’ Group第3回研究会
日時 2022年8月23日(火)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 杉田 有治(理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム チームリーダー)
Jaewoon Jung(理化学研究所 計算科学研究センター 粒子系生物物理研究チーム 研究員)
小林 千草(理化学研究所 計算科学研究センター 運用技術部門 ソフトウェア開発技術ユニット 技師)
言語 日本語、英語
テーマ ・GENESIS Ver. 2.0の紹介(発表者:杉田 有治) ※日本語
・GENESISを使った高速化手法(MD)、GPUの利用(発表者:Jaewoon Jung) ※英語
・GENESIS Ver. 2.0を使ったデモンストレーション(発表者:小林 千草) ※日本語
・質疑応答 ※日本語
備考 特になし。



会議名 GENESIS Users’ Group第2回研究会
日時 2022年6月2日(木)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 李 秀栄
医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター
インシリコデザインプロジェクト サブプロジェクトリーダー
テーマ ・自由エネルギー評価とレプリカ交換法(gREST)について(方法論)
・スパイクタンパク質(コロナウイルス)の事例(応用例)
・「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッション
備考 「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッションでは、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を受け付けます。ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。

2021年度

会議名 GENESIS Users’ Group第1回研究会
日時 2022年2月22日(火)13:00~16:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
テーマ ・GENESIS Users’ Groupの紹介
・理研数理の窓口機能の案内
・GENESISの機能概要と最新版の紹介
・ハンズオンセミナー
※J-OCTAとの連携も紹介予定
備考 研究会参加に際しては、下記の事前準備をお願いします。

あらかじめいくつかのフリーソフトウェアとファイルをダウンロード、インストールして頂きます。
研究会当日までに以下の対応をお願いします。

①ダウンロード・インストールいただくソフトウェア
下記のソフトウェアを研究会までにダウンロード・インストールして下さい。
詳細手順については事務局から別途送付いたしますメールをご確認ください。

a)VMD(Version1.9.3)
分子の描画、入力ファイルの編集に利用するソフトウェアです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
既にインストール済みであれば対応は不要です。

※ダウンロードに際してアカウントの登録が必要となります。
ご所属の組織内で問題ないかご確認の上、ダウンロードしてください
なお、インストールされていなくても、当日のハンズオンは進めていただけます。
(シミュレーションモデルの作成、モデルの可視化・表示についてはスキップ頂くことになります)

b)MS-MPI(Version10.1.2)
GENESISのspdyn(実行モジュール)を実行する際に必要なMPIです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=100593
既にインストール済みであれば手順の実施は不要です。

②PCに格納いただくファイル
開催1週間前を目安に事務局からファイルを送付しますので、当日使用されるPCに格納してください。 

c)GENESISの実行ファイル群
ハンズオンセミナーで用いるspdyn, crd_convert, rmsd_analysisのWindows版バイナリをご提供します。

d)ハンズオンセミナーの入出力ファイル
当日の時間が限られているため、あらかじめ計算済みのファイルをご提供します。

e)力場ファイル(toppar_c36_jul18.tgz)
CHARMMの力場パラメータが記載されたファイルをご提供します。

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