GENESIS Users’ Group研究会

GENESIS Users’ Groupでは定期的に研究会を開催します。今後、産業界などでGENESISを幅広く活用頂くために、GENESISの最新機能や利用方法のチュートリアルなどを提供する場として、研究会活動を推進していく予定です。
なお、次回研究会の開催概要は次のとおりです。

会議名 GENESIS Users’ Group第2回研究会
日時 2022年6月2日(木)13:00~15:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
発表者 李 秀栄
医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター
インシリコデザインプロジェクト サブプロジェクトリーダー
テーマ ・自由エネルギー評価とレプリカ交換法(gREST)について(方法論)
・スパイクタンパク質(コロナウイルス)の事例(応用例)
・「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッション
備考 「レプリカ交換法(gREST)」に関するディスカッションでは、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を受け付けます。ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。

※研究会の申込みにはGENESIS Users’ Groupへの入会が必須となります。

GENESIS Users’ Groupへの入会方法については、こちらのページをご確認下さい。

2022年5月31日(火)締切

申込はこちら
委託先の株式会社JSOLサイトの申込ページへジャンプします。

※株式会社理研数理は参加者の申込受付業務等の運営を株式会社JSOL(共催)に委託しています。

会議名 GENESIS Users’ Group第1回研究会
日時 2022年2月22日(火)13:00~16:00
開催形式 オンライン開催(Zoom開催)
主催 GENESIS Users’ Group(運営:株式会社理研数理)
共催 国立研究開発法人理化学研究所 計算科学研究センター
一般社団法人ライフ インテリジェンス コンソーシアム
株式会社JSOL
費用 無料(事前登録制)
テーマ ・GENESIS Users’ Groupの紹介
・理研数理の窓口機能の案内
・GENESISの機能概要と最新版の紹介
・ハンズオンセミナー
※J-OCTAとの連携も紹介予定
備考 研究会参加に際しては、下記の事前準備をお願いします。

あらかじめいくつかのフリーソフトウェアとファイルをダウンロード、インストールして頂きます。
研究会当日までに以下の対応をお願いします。

①ダウンロード・インストールいただくソフトウェア
下記のソフトウェアを研究会までにダウンロード・インストールして下さい。
詳細手順については事務局から別途送付いたしますメールをご確認ください。

a)VMD(Version1.9.3)
分子の描画、入力ファイルの編集に利用するソフトウェアです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
既にインストール済みであれば対応は不要です。

※ダウンロードに際してアカウントの登録が必要となります。
ご所属の組織内で問題ないかご確認の上、ダウンロードしてください
なお、インストールされていなくても、当日のハンズオンは進めていただけます。
(シミュレーションモデルの作成、モデルの可視化・表示についてはスキップ頂くことになります)

b)MS-MPI(Version10.1.2)
GENESISのspdyn(実行モジュール)を実行する際に必要なMPIです。
下記のURLよりダウンロード、インストールをお願いします。
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=100593
既にインストール済みであれば手順の実施は不要です。

②PCに格納いただくファイル
開催1週間前を目安に事務局からファイルを送付しますので、当日使用されるPCに格納してください。 

c)GENESISの実行ファイル群
ハンズオンセミナーで用いるspdyn, crd_convert, rmsd_analysisのWindows版バイナリをご提供します。

d)ハンズオンセミナーの入出力ファイル
当日の時間が限られているため、あらかじめ計算済みのファイルをご提供します。

e)力場ファイル(toppar_c36_jul18.tgz)
CHARMMの力場パラメータが記載されたファイルをご提供します。

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