2025年度

会議名 GENESIS Users’ Group第16回研究会
日時 2026年3月18日（水）15:00～16:30
場所 オンライン
テーマ・内容 １．GENESIS を用いたクライオ電顕構造最適化
クライオ電子顕微鏡は構造生物学における強力な手法として発展し、タンパク質の近原子分解能での立体構造情報の取得が可能となっている。一方、実験により得られる密度マップから物理的に妥当な立体構造を得るためには、分子動力学（MD）に基づく構造最適化が不可欠である。本講演では、GENESIS に実装されている電顕データフィッティングに関する機能と、その基盤となるアルゴリズムを紹介する。また、最適化における計算パラメーター設定の実践的ノウハウに加え、今後追加が予定されている新機能についても概説する。
２．GENESISを活用したデザインペプチド・タンパク質の評価
タンパク質デザインは、「望みの安定構造を作る」から「機能を作る」へと進展しつつあります。その中で、機能と構造ダイナミクスの相関を天然のタンパク質から学び、ボトムアップなデザインに適用する試みがなされています。本セミナーでは、膜ペプチド・タンパク質の人工デザインにおいてGENESISで外部電場やHighly Mobile Membrane Mimeticモデルを用いて構造モデリングを行った例を紹介します。
発表者 森 貴治（東京理科大学 理学部第一部化学科）
新津 藍（理化学研究所生命医科学研究センター 生体分子動態デザイン研究チーム）
進行 李 秀栄（医薬基盤・健康・栄養研究所）
参加資格 GENESIS Users’ Group の会員であること
参加費 無料（会員限定）
主催 GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理）
共催 株式会社JSOL
備考 「質疑応答/ディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。


会議名 GENESIS Users’ Group第15回研究会
日時 2025年10月29日（水）14:00～15:30
場所 CBI学会2025年大会　スポンサードセッション
テーマ・内容 １．Elucidating missing structural information in protein systems using gREST enhanced sampling
　　鄭 誠虎
２．自由エネルギー摂動法を用いたタンパク質―リガンド結合親和性予測
　　尾嶋 拓
３．GENESISにおけるQM/MM法の開発と酵素反応への応用
　　八木 清
４．マルチスケール分子動力学ソフトウェアGENESISの開発：現状と将来計画
　　杉田 有治
発表者 １．鄭 誠虎（熊本大学）
２．尾嶋 拓（兵庫県立大学）
３．八木 清（筑波大学）
４．杉田 有治（理化学研究所・東京大学）
モデレータ
（司会進行）		 李 秀栄（医薬基盤・健康・栄養研究所）
信夫 愛（大阪大学）
新津 藍（理化学研究所）
参加資格 どなたでもご参加いただけます
※CBI学会2025年大会への参加登録は必要です。
参加費 無料
※CBI学会2025年大会の参加費は別途必要です。
後援 GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理）
株式会社JSOL


会議名 GENESIS Users’ Group第14回研究会
日時 2025年6月23日（月）15:00～16:30
場所 オンライン
テーマ・内容 「GENESISとPython連携の開発紹介」
GENESISをPythonエコシステムと連携させるための我々の現在の取り組みについてご紹介します。前半では、GENESIS解析ツール向けのPythonインタフェースの開発について、その実装内容とデモをご紹介します。後半では、GENESISのシミュレーションエンジン(ATDYN)とPyTorchとの連携について、実装内容と実験データ解析への応用例をご紹介します。
発表者 松永 康佑（埼玉大学大学院理工学研究科 / 理化学研究所計算科学研究センター）
進行 笠原 健人（大阪大学 大学院基礎工学研究科）
参加資格 GENESIS Users’ Group の会員であること
参加費 無料（会員限定）
主催 GENESIS Users’ Group（運営：株式会社理研数理）
共催 株式会社JSOL
備考 「質疑応答/ディスカッション」では、事前に参加者から議論したいテーマ・質問を募集しています。
申込時の「事前質問」欄に、ご自身の興味があることについて、ぜひ積極的にご記入ください。